申梓木(黃文豪 飾)帶著言亦冬來(lái)到曠野之中，信號(hào)響處，兩位綠林好漢把裝在麻袋里的江湖大盜啞巴胡萬(wàn)送了過(guò)來(lái)。原來(lái)，這就是申梓木找到的替罪羊。

申力行(林峰 飾)詢問(wèn)言亦冬一整夜都到哪里去了，這才得知父親找人頂罪之事，他想不明白六扇門(mén)作為官府衙門(mén)，怎么會(huì)制造這樣的冤假錯(cuò)案，申力行決定找父親認(rèn)真談?wù)?。一直躲著父親的申力行終于主動(dòng)和父親見(jiàn)面，他仔細(xì)分析案件的偵破思路，申梓木告訴兒子，案件極其復(fù)雜，后果不是自己能夠左右的，找胡萬(wàn)替罪屬于情非得已，這也是他不讓申力行進(jìn)入六扇門(mén)的原因。

這邊，言亦冬仔細(xì)安排胡萬(wàn)在庭審時(shí)應(yīng)該注意的問(wèn)題。胡萬(wàn)一方面得到了申梓木照顧家人的承諾，另一方面認(rèn)為自己罪有應(yīng)得，慷慨答應(yīng)。庭審現(xiàn)場(chǎng)，刑部徐大人不顧群眾強(qiáng)(詹森 飾)烈反對(duì)，讓胡萬(wàn)簽字畫(huà)押。這時(shí)，訟師辛不平闖進(jìn)公堂，高聲指責(zé)六扇門(mén)和六部三司草菅人命，贏得圍觀群眾拍手叫好。徐大人只好答應(yīng)辛不平詢問(wèn)申梓木幾個(gè)相關(guān)問(wèn)題，辛不平以大量的人證物證把申梓木問(wèn)得啞口無(wú)言。胡萬(wàn)得知案件的嚴(yán)重后果，萌生悔意，想當(dāng)堂翻供。眼見(jiàn)所有心血付諸東流，申梓木發(fā)現(xiàn)辛不平貌似易容，一把抓下他臉上的人皮面具，原來(lái)，辛不平是申力行所扮。經(jīng)此一鬧，胡萬(wàn)寫(xiě)下六扇門(mén)刑訊逼供、自己屈打成招的經(jīng)過(guò)，申梓木惱羞成怒。刑部徐大人宣布將胡萬(wàn)收監(jiān)，案子發(fā)回六扇門(mén)重審。

聽(tīng)聞此則消息，趙無(wú)極(何中華 飾)害怕劉吉這招會(huì)收買(mǎi)六扇門(mén)人心，事情發(fā)展對(duì)齊王(方中信 飾)不利。趙無(wú)極推測(cè)兇手一定是劉吉手下，想利用六扇門(mén)掩蓋事情真相。齊王急忙請(qǐng)教趙無(wú)極應(yīng)該如何對(duì)付，趙無(wú)極認(rèn)為應(yīng)該調(diào)查清楚被殺閹人的身份。齊王也想查清被害者身份，應(yīng)對(duì)步步緊逼的劉吉。他告訴蘇溢清(迪麗熱巴 飾)，趙無(wú)極幫助自己完全出于政治目的，現(xiàn)在只能指望從小跟自己長(zhǎng)大的義女蘇溢清。

這邊，申梓木正在為重審案件頭疼不已，想探查真相的申力行卻興奮異常。申梓木認(rèn)為兒子是在幸災(zāi)樂(lè)禍，氣得持棍追打申力行，申力行邊跑邊分析死者情況。申梓木認(rèn)為很有道理，但是不答應(yīng)申力行尋找線索的要求。一心要維護(hù)正義、堅(jiān)持真相的申力行看到父親如此固執(zhí)，連磕幾個(gè)頭后憤然離去。冷靜下來(lái)的申梓木讓手下按照申力行的意見(jiàn)查案，先從鴉片館和古玩城入手弄清案情。

這邊，言亦冬邀請(qǐng)申力行留下幫助自己查案。申力行決定到鬼市查找被害人典當(dāng)?shù)臇|西，以此弄清死者身份。次日一早，申力行和言亦冬開(kāi)始探尋鬼市，同時(shí)，受齊王委托的蘇溢清男扮女裝也趕到鬼市。蘇溢清謊稱(chēng)要當(dāng)東西走進(jìn)李記當(dāng)鋪，借此詢問(wèn)是否有老太監(jiān)當(dāng)過(guò)東西，老板態(tài)度堅(jiān)決地予以否定，隨即離開(kāi)當(dāng)鋪。這時(shí)，發(fā)現(xiàn)李記當(dāng)鋪老板可疑并一直守護(hù)在外面的申力行決定跟蹤此人。果然不出所料，此人一會(huì)就消失得無(wú)影無(wú)蹤。申力行假裝成煙鬼到了煙館，了解到李記當(dāng)鋪老板萬(wàn)柳的很多情況。申力行根據(jù)種種證據(jù)推測(cè)，萬(wàn)柳應(yīng)該在煙館結(jié)識(shí)從河間府來(lái)的煙友高士奇，并從高士奇口中得知，河間府趙先生出有很多寶貝，他們把最近來(lái)到京城的趙先生騙了出來(lái)，然后謀財(cái)害命。申力行認(rèn)為抓住萬(wàn)柳是當(dāng)務(wù)之急，他決定先找高士奇。次日一早，高士奇見(jiàn)到申力行和言亦冬轉(zhuǎn)身就跑，被蘇溢清攔住后交給言亦冬。隨后趕到的申力行和蘇溢清再次失之交臂。

審訊高士奇后，順藤摸瓜，終于在煙館抓到萬(wàn)柳。案件終于告破，萬(wàn)柳被判斬監(jiān)候。六扇門(mén)終于在六部跟前一雪前恥、揚(yáng)眉吐氣!