狄仁杰(任嘉倫 飾)接手鬼將案慕容清(闞清子 飾)奉命到汴州

獨路林巡邏的兩個官兵中叫小武的士兵不相信鬼將軍的傳說，他往石敢當上撒尿，結(jié)果石敢當突然炸裂，一個戴面具的鬼將軍從地上飛出來直接殺了小武。同行的士兵劉福嚇傻了，他轉(zhuǎn)身準備逃離，結(jié)果看到一旁突然出現(xiàn)一群戴面具的鬼將士，劉福嚇得屁滾尿流飛快跑回去報信。

劉福顫抖著聲音把小武的事告訴其他巡邏的士兵，士兵們不相信，大家互相壯膽跟著劉福去看石敢當。結(jié)果發(fā)現(xiàn)石敢當竟然完好無損。他們正質(zhì)疑報信的劉福說謊時，劉福突然口吐白沫倒地。眾人嚇得魂飛魄散飛快逃命。

狄仁杰苦苦替藍綾醫(yī)治，然而他遍尋醫(yī)書卻找不到有效的醫(yī)方。狄仁杰一時愁眉不展。墨雨(繆俊杰 飾)感嘆也許只有慕容清才能醫(yī)治，紅巾馬上反駁，她不愿狄仁杰再見慕容清。狄仁杰這時無奈地稱只能用五種毒物配制出的五仙解毒湯這個偏方試一試了。

墨雨在廚房喝下一碗湯藥，結(jié)果突然出現(xiàn)中毒癥狀。他痙攣著痛苦地倒在地上。狄仁杰正在為藍綾針灸治療眼睛，他聽到廚房湯碗掉落在地的聲音。

狄仁杰和紅巾急忙趕到廚房，狄仁杰看到地下藥碗不禁大驚，他頓時明白墨雨是替藍綾試藥，可那是毒性很大的五仙解毒湯。狄仁杰連忙讓紅巾取白蘿卜汁替狄仁杰解毒。藍綾這時站在廚房門外，她沒想到墨雨為自己冒如此大的風險。

狄仁杰親自服侍墨雨吃藥，墨雨受寵若驚。狄仁杰感慨他服侍自己十多年，自己為他做點事微不足道。狄仁杰通情達理地勸墨雨隨時可以離開自己過他自己的生活，墨雨卻不愿離開。

慕容清在宮中為皇上號脈后，皇上讓她去看看武媚娘，他說武媚娘再懷龍嗣似乎很不安穩(wěn)。慕容清見到武媚娘時她正被皇后逼著搬去鳳琴殿。慕容清原以為這不過是件小事，一旁的宮女卻替武媚娘抱不平，她說鳳琴殿是不祥之地，但凡住進去的人十有八九一年內(nèi)必死于非命，皇后擺明了想害武媚娘。慕容清大驚。

慕容清離開武媚娘宮中回太醫(yī)署時路遇宮里的韓公公，韓公公走到慕容清身邊突然說出暗語：潛龍勿動。慕容清正驚詫時，朝公公塞給她一份情報，情報上指示慕容清：協(xié)助狄仁杰查案，暗中殺劉福。

狄仁杰為藍綾用了藥后，藍綾的眼睛終于可以睜開，也不再疼痛。眾人大喜，狄仁杰卻憂心忡忡，他說目前還無法醫(yī)治藍綾眼睛復(fù)明，他只能竭盡全力。

這時汴州知府陸大人來到狄仁杰府中，他責怪狄仁杰為什么多次找人通報他去府衙他拒不從命。狄仁杰稱自己家中有病人無法脫身，陸大人告訴他三天前獨路林發(fā)生命案，他希望狄仁杰查案。狄仁杰為難了，藍綾善解人意地勸他去查案。

狄仁杰和陸大人一行去獨路林案發(fā)現(xiàn)場。路上陸大人把獨路林的傳說告訴狄仁杰。陸大人稱四十年前前朝一名將軍帶著十二名將士在獨路林遭到追殺，在石敢當處全部遇難。而據(jù)劉福反應(yīng)他在石敢當親眼目睹小武被鬼將軍殺害，也看到十二名鬼將士。劉福雖然沒死，但卻身染疫疾，他回歸軍營后又將疫疾傳染給其他將士，狄仁杰聽到這里眉頭緊鎖。

狄仁杰一行來到石敢當處，墨雨拔劍砍向石敢當，他疑惑地稱石敢當是堅硬無比的巖石，不可能破碎后復(fù)原。狄仁杰正思索時，一個武將打扮的將軍帶著幾名道士走了過來。

陸大人介紹將軍名叫陳征(廖希 飾)，是此處的駐軍統(tǒng)領(lǐng)，陸大人告訴陳征此案已經(jīng)交由狄仁杰查辦。陳征很不友好地嘲諷狄仁杰幫武昭儀破了奇案，卻仍然屈居汴州，狄仁杰淡淡地稱自己破案不為加官進爵只為伸張正義。陳征嗤之以鼻。他挑釁地問狄仁杰對劉福遭遇的看法，狄仁杰稱留劉?；羁诓贿^是為了讓他把疫病傳播到軍營。

陳征帶來的道士對石敢當貼符做法，狄仁杰隨陸大人離開。墨雨不解陳征為什么對狄仁杰有敵意，狄仁杰稱他提到武昭儀說明陳征和宮里的王皇后(傅穎 飾)或蕭淑妃(劉海藍 飾)有關(guān)系。陸大人驚詫狄仁杰分析，他說陳征受恩于王皇后父親，故而對狄仁杰有敵意。

狄仁杰想去軍營找劉福了解情況，結(jié)果意外在軍營遇到黑風寨三當家凌霄牧(丁匯宇 飾)。凌霄牧告訴狄仁杰和和黑風寨許多弟兄在此當兵，他現(xiàn)在是駐軍副統(tǒng)領(lǐng)。他介紹稱，軍營里許多將士染病，朝廷還專門派了太醫(yī)署的醫(yī)官。

狄仁杰走進軍營，看到許多將士病懨懨地躺在床上，醫(yī)官這時回頭，狄仁杰大驚，醫(yī)官竟然是慕容清。兩人一時四目相對，心中百感交集。慕容清云淡風輕地稱，自己授命來此為將士治病。

慕容清把狄仁杰帶到隔壁房間，她說因為劉福嚴重一些專門隔離在另外一個房間。狄仁杰一行來到隔壁房間，劉福已奄奄一息。慕容清上前給劉福號脈，劉福突然怒目圓睜地死去。